防御并非单纯的被动挨打，而是通过身法与机制化解危机。走位是防御的第一道防线，熟练运用垂直走位能高效规避绝大多数直线型技能，避免斜向走位暴露过多受击判定。当敌方突进时，需根据忍者特性选择防御手段，例如日向宁次的回天具备短前摇与无敌帧，是近身反打的绝佳选择，而十尾带土则可通过强化普攻进入黑球无敌状态，或释放二技能进行精准格挡。时刻关注敌方替身术冷却时间，在敌方替身即将就绪时，应主动拉开距离或利用飞行道具压场，避免被反手控制。

面对多段伤害或抓取类技能，传统的格挡往往无效，此时需依赖无敌帧技能或替身术进行规避。部分忍者拥有独特的防御机制，如丸星古介的一技能长按可开启铁锅格挡，虽不能免疫伤害但能大幅减伤并防击飞，黑土在加重岩状态下的普攻前两段自带格挡效果，且格挡次数可在技能间继承，适合在拉扯中消耗敌方爆发。对于拥有能量条的忍者，维持沙盾状态是核心防御思路，需通过一技能二段短按快速补充能量，确保在敌方替身真空期拥有足够的格挡层数。

高阶防御讲究防反一体，即在化解攻势的瞬间完成反击。利用格挡成功后的僵直或霸体状态，可直接衔接抓取或高伤技能，例如十尾带土在格挡成功后解锁的二技能二段击退，能瞬间扭转战局。在连招中也可通过蹭豆技巧，利用防御技能的无敌帧骗取敌方替身，随后用奥义或通灵兽进行反打。秘卷与通灵的搭配也能弥补防御短板，如携带霸体秘卷可在释放技能时免疫控制，或召唤蛤蟆吉提供范围控制以打断敌方节奏。